在整个怀孕过程中，胎儿都可能会受到畸胎原的影响，怀孕的前三个月，畸胎原此时最容易造成胎儿异常， 目前已知约有2％到3％的先天性畸形是由药物所引起的，容易引起畸形的药物包括男性荷尔蒙、酒精、某些抗生素（如四环霉素）、抗凝血剂、抗癌药物、镇定剂等。     

化学物质的污染，例如铅、汞等，均是常见的畸胎原，易导致胎儿生长迟滞，神经系统及智力上的障碍。这种污染常见于工业废水污染河川，要远离这些污染。

  放射性物质是另一种畸胎原，一般的胸部X光照射，并不足以引起胎儿畸形，但累积的剂量越多，或照射的部位越靠近子宫的话，畸形的危险性 越高。

  咖啡或茶所含的咖啡因及电脑显示器的辐射量，是否会造成畸形，目前均尚未被证实。

引起胎儿畸形的因素很多，归纳起来主要有五种情况：

　　一、遗传性高危因素的孕妇，如35岁以上孕妇。

　　二、有胎儿畸形家族史或以前分娩过畸形儿者。

　　三、夫妇本身患有先天性缺陷者，如脊柱裂、先天性心脏病等。

　　四、夫妇患有糖尿病者。

　　五、孕期尤其是孕早期（3个月以内）接触过致畸物质，如射线、农药、酒精等或服用了避孕药、抗癫痫药，孕早期母体感染（如风疹病毒感染）等。