遗传因素引起的先天畸形包括亲代畸形的血缘遗传和配子或胚体细胞的染色体畸变及基因突变。

染色体畸变包括染色体数目的异常和染色体结构异常。

染色体数目减少可引起先天畸形，常见于单体型。常染色体的单体型胚胎几乎不能存活，性染色体的单体型胚胎约有97％死亡，3％成活但有畸形，如先天性卵巢发育不全即Turner综合征（45，xo）。

染色体数目的增多也可引起畸形，多见于三体型（trisomy），如21号染色体的三体可引起先天愚型即Down综合征，18号染色体的三体可引起Edward综合征，13号染色体三体可引起Patau综合征，性染色体三体（47，xxy）可引起先天性睾丸发育不全（即Klinefelter综合征）。

染色体的结构畸变也可引起畸形，如5号染色体短臂末端断裂缺失可引起猫叫综合征。

基因突变的发生次数尽管比染色体畸变多，但多不引起畸形，故固基因突变引起的畸形远比染色体畸变引起的畸形少，主要有软骨发育不全、肾上腺肥大、小头畸形、无虹膜、多囊肾、皮肤松垂症，睾丸女性化综合征。